巨噬細(xì)胞存在于不同的組織中，從而產(chǎn)生執(zhí)行組織特異性和生態(tài)位特異性功能的不同細(xì)胞群。例如，已發(fā)現(xiàn)在中樞神經(jīng)系統(tǒng)中發(fā)育的巨噬細(xì)胞（稱為小膠質(zhì)細(xì)胞）具有多種作用，包括清除碎片、重塑突觸連接和免疫監(jiān)視。在脂肪組織中，脂肪相關(guān)巨噬細(xì)胞參與調(diào)節(jié)胰島素敏感性的信號傳導(dǎo)。肺泡巨噬細(xì)胞攻擊吸入的外來物質(zhì)，并通過吞噬作用清除多余的肺表面活性劑。庫普弗細(xì)胞或肝臟中的星狀巨噬細(xì)胞負(fù)責(zé)清除血液中的微生物、紅細(xì)胞和其他細(xì)胞碎片。骨髓巨噬細(xì)胞通過吞噬發(fā)育中的紅細(xì)胞的擠出細(xì)胞核來促進(jìn)紅細(xì)胞的造血。脾臟中的巨噬細(xì)胞，包括邊緣區(qū)、嗜金屬、紅髓和白髓巨噬細(xì)胞，參與免疫監(jiān)視、鐵代謝和細(xì)胞清除等活動。

在適當(dāng)?shù)拇碳は?，巨噬?xì)胞被激發(fā)并激活為一種炎癥狀態(tài)，可大致分為兩類，M1（經(jīng)典激活）或 M2（替代激活）。極化的這種性質(zhì)代表活化譜的兩端，僅指在特定時間和位置的激活預(yù)估狀態(tài)。已描述 M1 巨噬細(xì)胞具有與對細(xì)菌和細(xì)胞內(nèi)病原體的免疫反應(yīng)相關(guān)的促炎作用。另一方面，M2 具有更強(qiáng)的抗炎作用，具有血管生成和傷口愈合功能。 M2 還與 2 型 T 輔助細(xì)胞 (Th2) 反應(yīng)有關(guān)，例如蠕蟲免疫、哮喘和過敏。

M1 巨噬細(xì)胞激活通過 IFNG、TNF 和 toll 樣受體的信號傳導(dǎo)發(fā)生。與 M1 極化相關(guān)的遺傳標(biāo)記包括 IL1a、IL1b、IL6、NOS2、TLR2、TLR4、CD80 和 CD86。對于 M2 巨噬細(xì)胞，激活是通過包括 IL4、IL10 和 IL13 在內(nèi)的細(xì)胞因子發(fā)生的。文獻(xiàn)報告的 M2 標(biāo)記包括 CD115、CD206、PParg、ARG1、CD163、CD301、Dectin-1、PDL2 和 Fizz1。需要注意的是，由于 M1 和 M2 之間表型的連續(xù)性，落在中間范圍內(nèi)的巨噬細(xì)胞可以同時表達(dá)一些標(biāo)記。